Suomen elektronisen urheilun liitossa päätäntävaltaa käyttää liiton jäsenistö liittokokouksen yhteydessä, joka järjestetään kaksi kertaa vuodessa. Liittokokouksen tehtäviä ovat muun muassa liiton hallituksen valinta sekä liiton taloudesta ja toiminnasta päättäminen.
Liittohallitus ohjaa liiton päivittäistä toimintaa yhdessä liiton työntekijöiden kanssa. Hallitus kokoontuu noin kerran kuukaudessa. Sen tärkein tehtävä on toimeenpanna liittokokouksen päättämät asiat ja valvoa liiton taloutta. Se myös valvoo liiton etuja ja hyväksyy uudet jäsenet.
Tämän lisäksi liiton apuna toimii joukko vapaaehtoisia, jotka tekevät tärkeää työtä elektronisen urheilun kehittämiseksi osana eri työryhmiä ja projekteja.
